在台湾，珍珠奶茶是具有相当的自主性的，而珍珠奶茶店通常也以复合式经营，不单只提供红茶、绿茶、奶茶、咖啡等饮料，还有各式各样能代表各店特色的“特调饮料”，而一些常客也会创造出自己专属的口味。

调味茶：梅子（酸梅）：梅子乌龙茶、梅子红茶、梅子绿茶等。养乐多：养乐多红茶、养乐多绿茶等。调酒材料（如薄菏糖浆、石榴糖浆等）：薄菏绿茶、石榴红茶等。各式花茶：可单独贩售或加入奶茶，如薰衣草奶茶。

加入的材料：珍珠：即粉圆，有分大颗（波霸）及小颗。龙珠：亦称“包心粉圆”，加入一颗完整的红豆于珍珠的核心中，直径10mm以上，有“外软心脆”的口感 椰果：如椰果红茶、椰果绿茶、椰果奶茶等。

点子：会Q的小粒方块状咖啡冻。

布丁：有以加入市售（或自制）的固体状布丁，也有些店面是以布丁粉作为调味，以奶茶常加入布丁。

仙草（广东人称作凉粉）：，有些原先于冬日卖烧仙草的店家，于夏日时转型后的产物，后来被多数店家随后跟进使用。爱玉：跟仙草有点类似，早期原先出没于乡下的传统市场，后来转型时也带入饮料的口味变化，部分非连锁店家较常见。

蒟蒻：于前些日子很红的健康食品，随后因为市场追求健康取向，而被广泛应用于各饮料之中，大多为有嚼劲的口感。

QQ：椰果+珍珠+芦荟

额外的选择：甜度：基本上以果糖为主，每家店的基本甜度都略有不同，且与制作的店员有关，若没有特别说明就是基本甜度。全糖 / 十分糖：果糖量依各店家标准不同，放入标准的量。半糖：果糖量只放该店家标准之一半。少糖 / 微糖 / 三分糖：果糖量少于该店家标准之一半，多为三分糖（清心），或两分糖（微糖）。无糖：不添加任何甜味，也有一些担心珍珠热量，或是只想喝珍珠甜味的顾客会选择无糖。十二分糖：果糖量高于标准，由于部分店家冰块的使用量较大，有些顾客担心放久了不甜，因此会要求店家糖加多一点，此种说法是比较口语化的说法，等同于请店家糖加多一点之意，有点行家的点餐法之一。冰量：珍珠奶茶多半是冷饮，因此会加冰块，但冰块若太多则时间一长便会使饮料味道变淡，因此，有些店家会特意将奶茶调的较甜，让冰块融化后仍能保有甜味。但因冰块会占去杯子的体积，且大多数店家奶茶均为预泡已放在冰箱内冰过，故一些精打细算的人会要求去冰以喝到较多的饮料。另有许多注意健康或女性朋友，在特定期间也会选择去冰。全冰：冰块量依各店家标准不同，放入标准的量，一般冰量如果没有特意要求店家减量，几乎都是全冰。（近半杯以上的容量都是冰块，冬天饮起来非常冰冷，也容易造成饮料先甜后淡的情况出现。） 少冰：冰块量依各店家标准不同只放一半，不过依店家习惯不同，标准不一定介定于一半，大部分顾客都会选择少冰，避免饮料先甜后淡，亦属行家的点法之一。少少冰：又称微冰，冰块放到约只有飘浮在杯部上层的一至三层，大多是会在短时间喝完的顾客所会要求的方式之一。去冰：只放一些冰块，让饮料于调味完成后只有冰凉感而看不见冰块；有些店家的饮料原先就已经有冰凉，则是直接不放任何冰块。加厚：不加水稀释。