生物医药洁净厂房厂址选择和总平面布置：应在大气含尘、含菌浓度低，无有害气体，自然环境好的区域；应远离铁路、码头、机场、交通要道以及散发大量粉尘和有害气体的工厂、贮仓、堆场等严重空气污染，水质污染，振动或噪声干扰的区域。如不能远离严重空气污染区时，则应位于其特别大频率风向的上风侧，或全年特别小频率风向下的风侧。
对于辅助生产区的功能分区要和主生产区进行合理配合，清洗和区域要和服务的主工艺流区域靠近，如果为多个公共服务区，那么要尽可能的居中布置，为物品传递提供便利。物料储存区的设计要便于物料进出，减少长距离的传输，设备的辅机间要设计在洁净区外面，在非洁净区进行维护保养。以笔者的经验，在合理的位置增加中控区，可减少来往实验室的次数，有利于提升工作效率。
一次性系统的应用，生产中如使用一次性反应袋、储液袋等产品，这些产品的使用减小了设备间的占地面积，增加了空间利用率，减小了曝露的机会，同时也减少了清洁操作，更加有利于交叉污染的控制，没有了清洁操作就间接增加了生产时间，房间利用率增加了减少了清洁验证的负担。
③新风量
洁净室(区)内新风量数值取下列风量中的值：
a.单向流洁净室总送风量的2%～4%；紊流洁净室(区)总送风量的10%～30%；
b.补偿室内排风和保持室内正压值所需的新鲜空气量；
c.保证室内每人每小时的新鲜空气量不小于40立方米。