中国医学科学院阜外医院始建于1956年，是一所集医疗、科研、预防和人才培养于一体的三级甲等专科医院，是北京市医保定点单位。
2021年8月，中国医学科学院阜外医院实验诊断中心被评选为第20届全国青年文明号。
2021年11月20日，入选2020年度中国医院综合排行榜。2021年12月3日，门头沟区政府与中国医学科学院阜外医院签署战略合作框架协议，共同推动首批国家医学中心阜外西山院区落地门头沟。
开创中国心血管病防治事业
阜外医院心血管病流行病学防治研究工作始于1959年。1978年建立了中国个心血管病流行病学研究室，是我国个从事心血管病流行病学和人群防治研究的专业研究室。2000年成立群体遗传学及防治研究室，在我国心血管人群防治基础上开拓了新的遗传流行病学的发展领域。2004年9月卫生部心血管病防治研究中心落户阜外，具体负责推动全国的心血管病防治和研究工作。2013年国家心血管病中心投入实质运营，软硬件设施得到极大改善，心血管疾病防治工作站上了更高平台。
“三高共管”试点建设项目自2020年12月启动，先后在天津、河北、辽宁、河南等14个地区开展试点工作。截至2023年，该项目已在12省市启动14个试点，管理近2万例 “三高”患者。“三高共管”项目的试点地区平均血压规范测量率达46%、血压控制率达58%。
“中国居民心血管病危险因素及发病监测项目”于2020年10月启动，目前该项目已建成我国规模的集危险因素与发病一体的监测网络。截至2023年底，危险因素检测范围已覆盖31个省262个区县,调查30万人;事件监测范围已覆盖400多个县区网点，收集病例742万例；并撰写了《中国居民心血管病及其危险因素监测报告2022》和《心血管病发病事件监测报告2022》。