医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授116人，承担着本科及博士、硕士研究生、七年制儿科专业，护理大专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
北京儿童医院积极发挥学科作用，领航儿科行业发展。2013年牵头组建北京儿童医院集团，创新“病人不动、医生移动”的模式服务全国患儿，目前理事单位成员已达57家。医院与美国、俄罗斯、加拿大、意大利、澳大利亚、瑞典、德国、法国、日本、新加坡等国家的儿童医疗机构和科研院所建立了良好的关系和广泛的合作，是科技部认定的儿童重大疾病国际科技合作基地。
北京市级平台：
北京市儿童外科矫形器具工程技术研究中心
儿童重大疾病北京市国际科技合作基地
◆ 北京市重点学科：
急救专业、普外专业、小儿白血病专业、中医小儿脾胃病专业
◆ 北京市重点实验室：
儿童耳鼻咽喉头颈外科
儿童血液病与肿瘤分子分型
儿童呼吸道感染性疾病研究
儿童慢性肾脏病与血液净化
出生缺陷遗传学研究
科室团队拥有18名医师，1名助理研究员，其中硕士研究生导师1人，副高级以上职称9人，中级职称6人。其中博士后1人，具有博士学位者5人。
团队成员先后承担国家自然科学基金2项，北京市自然科学基金2项，教育部博士点基金1项；1人入选北京市人才青年拔尖计划(高创计划)，1人入选国家外专局培训计划，2人入选北京儿童医院苗圃计划；1人科研成果入选“北京市自然科学基金十二五期间成果选编”。团队成员共发表作者SCI论著多篇，参与编写书籍多部及指南/专家共识多篇。
科室秉承全心全意服务于移植患儿的原则，建立移植病人检查绿色通道，短时间完成检查并开始，精益求精，为患儿得到质的医疗服务和的疗效而不断努力！